毕业(设计)论文的写作方法是多种多样的，并没有一个固定的格式，下面仅对论文中的几个主要部分的写作方法提出一点参考性的意见。
1.数学理论研究类
(1) 实际调研与文献阅读
通过实际调研与文献阅读，搜集有关的研究论文、报告、和其它参考资料，数据的采集，并进行必要的整理和分析工作，使之对所进行的论文或研究工作有指导作用。了解论文题目的立题依据(问题描述)和意义，对课题的要求和所要达到的目标有明确认识;了解前人研究进展(国内外现状)，明确研究任务并撰写开题报告。
开题报告的主要内容包括：研究内容及其意义，国内外现状，拟解决的问题，研究方法，时间计划，预期获得的成果。
(2) 拟写提纲
毕业论文内容多、篇幅大，一般应拟写提纲，才能把握全局。一般思路是编写一个章节顺序，以充分反映论文内容及结果。提纲应多征求指导教师的意见。
(3) 初稿
在提纲的基础上写成初稿。应注意以下三点：
① 尽可能把自己事先想到的内容写进去，边写边补充。
② 文体符合要求。
③ 边写边标注参考文献。
(4) 修改
所有好的文章，都是经过反复修改才公布于众的。初次撰写毕业论文，更应精心修改。
① 思路和结构修改
初稿写完后，首先应该从全局的角度检查思路，看是否反映了自己研究的主要成果，章节结构是否合理，中心论点是否突出，层次是否清晰，段落是否规范。
② 支撑材料修改
通过对材料、公式、代码、实验数据等的增、删、改、换，使支持文章观点的材料充分、精炼、准确。
③ 清理参考文献
清理参考文献，检查参考文献标注是否准确。
④ 语言文字修改
主要修改用词是否准确，语句是否通顺，并修改错别字。语句是否符合逻辑。
2.数学建模及应用类
论文的三个主要模块：
引言 (Introduction) 包括内容：研究的理由、目的、背景、前人的工作和现在的知识空白，理论依据和实验基础，预期的结果及其在相关领域里的地位，作用和意义(目的是吸引读者，文字不可冗长，措词要精炼，建模也可以使用“问题提出”)
正文(Main body)主要部分，作者的创造性结果或新的研究结果将在这一部分得以反映，可分标题、段落进行层次性论述
结论(Conclusion)是最终的总体的结论，即论文结局，一般包括：研究结果说明什么问题得出什么规律，解决了什么理论或实际问题;对前人工作做了那些补充、修正、发展或否定;本文的不足之处或遗留未解决的问题，遗迹解决这些问题的可能关键点和方向。要求措辞严谨、逻辑严密、文字具体、用语斩钉截铁，不能含糊其词、模棱两可，文字上也不应夸大，对尚不能完全肯定的内容应注意留有余地。
通常建模类论文评价以“建模的合理性、建模的创作性、结果的正确性和文字表述的清晰性为主要标准”，正文应该包括以下7个部分：
①问题的提出(按照你的理解，对所给的题目作更清晰的表述)在建模论文中常使用问题的重述和分析来代替“引言”;对问题进行分析，要把握实质，不要抄原题)
②问题的分析(根据问题的性质，你打算建立什么样的模型)
③模型假设(有些应作必要的解释说明)
④模型设计(对出现的数学符号必须有明确的定义，整个文章中应一致)
⑤模型的解法和结果：包括求解过程和所用计算机软件(特别编写的或标准的软件包)的解释过于繁杂的代数运算或数字计算，建议编入附录部分(包括一些图表、量过大的数据等)
⑥模型结果的分析和检验：包括误差分析，稳定性分析等
⑦模型的优缺点及改进方向(包括局限性、推广性)
附录部分：与正文有关的详细内容，作为正文的补充，避免正文繁琐。
3.计算机编程类
(1) 前言部分
前言部分也常用“引论”、“概论”、“问题背景”等做标题，在这部分中，主要介绍论文的选题。
首先要阐明选题的背景和选题的意义。选题需强调实际背景，说明引发该问题的原因，问题出现的环境和条件，解决该问题后能起什么作用。结合问题背景的阐述，使此选题确有实用价值和学术价值，确有研究或开发的必要性。
前言部分常起到画龙点睛的作用。选题实际又有新意，意味着研究或开发方向对头，设计工作有价值。
(2) 综述部分
综述部分主要阐述选题在相应学科领域中的发展进程和研究方向，特别是近年来的发展趋势和最新成果。通过与中外研究成果的比较和评论，说明自己的选题是符合当前的研究方向并有所进展，或采用了当前的最新技术并有所改进，目的是使读者进一步了解选题的意义。
综述部分能反映出毕业设计学生多方面的能力。首先，反映中外文献的阅读能力。通过查阅文献资料，了解同行的研究水平，在工作中和论文中有效地运用文献，这不仅能避免简单的重复研究，而且也能使研究开发工作有一个高起点。
其次，还能反映出综合分析的能力。从大量的文献中找到可以借鉴和参考的，这不仅要有一定的专业知识水平，还要有一定的综合能力。对同行研究成果是否能抓住要点，优缺点的评述是否符合实际，恰到好处，这和一个人的分析理解能力是有关的。
(3) 方案论证
在明确了所要解决的问题和文献综述后，很自然地就要提出自己解决问题的思路和方案。在写作方法上，一是要通过比较显示自己方案的价值，二是让读者了解方案的创新之处或有新意的思路、算法和关键技术。
在与文献资料中的方案进行比较时，首先要阐述自己的设计方案，说明为什么要选择或设计这样的方案，前面评述的优点在此方案中如何体现，不足之处又是如何得到了克服，最后完成的工作能达到什么性能水平，有什么创新之处(或有新意)。如果自己的题目是总方案的一部分，要明确说明自己承担的部分，及对整个任务的贡献。
(4) 论文主体
前面三个部分的篇幅大约占论文的1/3，主体部分要占2/3左右。在这部分中，要将整个研究开发工作的内容，包括理论分析、总体设计、模块划分、实现方法等进行详细的论述。主体部分的写法，视选题的不同可以多样，研究型论文和技术开发型论文的写法就有明显的不同。
研究型的论文，主体部分一般应包括：理论基础，数学模型，算法推导，形式化描述，求解方法，计算程序的编制及计算结果的分析和结论。要强调的是，研究型论文绝不是从推理到推理的空洞文章。研究型论文也应有实际背景，也应有到企业和实际部门调研的过程，并在实际调查研究中获取信息，发现问题，收集数据和资料。在研究分析的基础上，提出解决实际问题的、富有创建性的结论。
技术开发型的论文，主体部分应包括：总体设计，模块划分，算法描述，编程模型，数据结构，实现技术，实例测试及性能分析。以上内容根据任务所处的阶段不同，可以有所侧重。在任务初期的论文，可侧重于设计实现，在任务后期的论文可侧重于应用。但作为一篇完整的论文应让读者从课题的原理设计，问题的解决方法，关键技术以及性能测试都有全面的了解，以便能准确地评判论文的质量。
论文主体部分的内容一般要分成几个章节来描述。在写作上，除了用文字描述外，还要善于利用各种原理图、流程图、表格、曲线等来说明问题，一篇条理清晰，图文并茂的论文才是一篇好的论文。
(5) 测试及性能分析
对工程技术专业的毕业设计论文，测试数据是不可缺少的。通过测试数据，论文工作的成效就可一目了然。根据课题的要求，可以在实验室环境下测试，也可以在工作现场测试。在论文中，要将测试时的环境和条件列出，因为任何测试数据都与测试环境和条件相关，不说明测试条件的数据是不可比的，因此也是无意义的。
测试一般包括功能测试和性能测试。功能测试是将课题完成的计算机软硬件系统(子系统)或应用系统所要求达到的功能逐一进行测试。性能测试一般是在系统(子系统)的运行状态下，记录实例运行的数据，然后，归纳和计算这些数据，以此来分析系统运行的性能。
测试实例可以自己设计编写，也可以选择学科领域内公认的、有一定权威性的测试实例或测试集。原则是通过所选择(设计)的实例的运行，既能准确反映系统运行的功能和性能，与同类系统又有可比性。只有这样，论文最后为自己工作所做的结论才有说服力。
(6) 结束语
这一节篇幅不大，首先对整个论文工作做一个简单小结，然后将自己在研究开发工作中所做的贡献，或独立研究的成果列举出来，再对自己工作的进展、水平做一个实事求是的评论。